先述のとおり、劇中ではギルガメス軍に関する描写がほとんどであるため、ギルガメスというと「ギルガメス軍」を指すことが多い。
ただ、そのギルガメス軍の体制、指揮系統についてもあまり詳細には描写されているわけではない。
ギルガメスの国旗かギルガメス軍の軍旗かは不明だが、
野望のルーツのラストの軍事パレードにおいては、ワシのモチーフの旗が掲げられている。またギルガメス軍の制帽にも同様のモチーフがある。
キリコのように十代からギルガメス軍に入隊する者もいるが、ペールゼン・ファイルズにおけるコチャックの「除隊するにもカネが貯まらねぇ」という発言から、徴兵制ではなく志願制で、ギルガメス軍は職業軍人により構成されていることがうかがわれる。
(以下編集中)