ペールゼン・ファイルズは、TV版の前日譚にあたるOVA。元レッドショルダーのキリコ・キュービィーと彼の配属されたバーコフ分隊?の戦い、そしてレッドショルダー解散後メルキア情報省のウォッカム?により囚われたペールゼンを通じて、異能生存体とその「近似値」である者たちの運命を描く。全12回で、キリコ・キュービィーの絡むOVAとしては最も回数の多い作品となっている。
今作からATは手書きのアニメーションから3DCGを用いた描写となり、OPや第一話のタイバス渡河作戦、終盤のモナド攻略戦では3DCGによる大量のATの行軍が描かれる。

「赫奕たる異端」までの劇伴担当者であった乾氏が亡くなられているため、乾氏による既存劇伴と、前嶋康明氏（乾氏と同じくラテンフュージョンバンド出身）による新規劇伴が使用されている。

OVAでのリリースの後、総集編がペールゼン・ファイルズ劇場版?として公開された。
劇場版では、レッドショルダー基地でのペールゼンの逮捕を描いたOPと、新バージョンの「炎のさだめ」とともにOVA本編終了後のキリコを描いたEDが追加されている。
また、OVAでは終始既存劇伴と新規劇伴が混在して使用されていたのに対し、劇場版では終盤まで新規劇伴のみ、終盤（コントローラ占拠後の謎の空間突入以降）になってはじめて既存劇伴が使用される、という構成に改められている。

2017年3月、劇場版が4DX（席の揺れ・振動、光、水などの特殊効果つきの劇場）向けに再上映された。

（劇場版については後述の予定）

惑星ロウムスの大河・タイバス。ギルガメス軍は対岸のバララント占領地へ夥しいATを差し向け、渡河作戦を敢行しようとしていた。その中には、レッドショルダーから転属させられたキリコ・キュービィーもいた。おりからの悪条件と、敵軍から浴びせかけられる弾雨の中、タイバスの河岸は阿鼻叫喚の様相を呈していた。
一方その頃、レッドショルダーの父たるペールゼンは、レッドショルダー隊員虐殺のかどで軍事法廷にかけられていた。有無を言わさず、弁護人もつけないペールゼンを責め立てる法廷。そこに一人の男が現れる。情報省次官・ウォッカム?。彼はペールゼンが未だ危険な存在であることを示す。すると茫然自失に見えたペールゼンは、突如として発狂。ペールゼンの身柄は、かくして情報省の元にわたる。

キリコはタイバス渡河作戦の激戦から「またしても」奇跡的に生き残り、深手を負ったまま最前線の惑星ガレアデ?に転属させられる。ガレアデで待ちかまえていたのは、彼を襲う謎の青年、そしてその謎の青年をも組み入れた分隊・バーコフ分隊?であった。
ペールゼンは、惑星クズスクにある政治犯医療収容所に収監され、ウォッカムにより最新技術の粋を結した責め苦を味わう。
ガレアデで新たな仲間とともに苦難に苛まれるキリコと、クズスクに囚われ責め立てられるペールゼン。その二人の間を結ぶのは、「ペールゼン・ファイル」という記録ファイル、そして「異能生存体」というキーワードであった。
そしてその二つの要素は、ウォッカムに危険な誘惑を仕掛ける。穏当に終戦に向かうはずのアストラギウス銀河の運命は、ペールゼン・ファイルと異能生存体、そしてウォッカムの野心が混交されることにより、致命的かつ劇的な事態を迎える…

物語は、惑星ロウムスでの「渡河作戦」、惑星ガレアデでの「マニド峡谷突破作戦」、「友軍による襲撃事件」、「極地戦」、そして惑星モナドでの「モナド攻略戦」に大きく分けられる。
そして、キリコ・キュービィーと彼の組み入れられたバーコフ分隊?の話とは別に、PCMPに囚われたペールゼンと情報省次官ウォッカム?による、「異能生存体」に関する対話が展開される。

• ペールゼン・ファイルズ第1話?『渡河作戦』
• ペールゼン・ファイルズ第2話?『ガレアデ』
• ペールゼン・ファイルズ第3話?『分隊』
• ペールゼン・ファイルズ第4話?『死の谷』
• ペールゼン・ファイルズ第5話?『尋問』
• ペールゼン・ファイルズ第6話?『異能』
• ペールゼン・ファイルズ第7話?『狙撃』
• ペールゼン・ファイルズ第8話?『冷獄』
• ペールゼン・ファイルズ第9話?『ダウン・バースト』
• ペールゼン・ファイルズ第10話?『戦略動議』
• ペールゼン・ファイルズ第11話?『不死の部隊』
• ペールゼン・ファイルズ第12話?『モナド』

• キリコ・キュービィー
  • レッドショルダーからの転属後、ロウムスのタイバス渡河に参加させられ、またも死線をさまよう。重傷のまま最前線の惑星ガレアデに転属、バーコフ分隊に組み入れられる。
  • 劇中通じて「ペールゼン・ファイル」の毒にあてられたウォッカムの監視下に置かれる。
• ウォッカム?
  • 情報省次官。ペールゼンが作成した「ペールゼン・ファイル」に着目し、彼の夢想した「不死の部隊」を具現化せんと画策する。
  • 劇中ではスパークリングワインを度々飲んでいる。
• ペールゼン
  • レッドショルダー解散後軍事法廷にかけられるが、ウォッカムによりクズスクのPCMPに収監される。
  • 野心を抱くウォッカムにより自白装置にかけられるなど責め苦を味わっていた、かのように見えたが…
• ルスケ?
  • ウォッカムの副官（秘書）。ある人物?と瓜二つ。温和そうに見えるが最後は…
• メンケン
  • PCMPの医療スタッフ。自白装置MRCのオペレーションを担当する。ウォッカムによる廃人化レベルの投薬やMRC使用の要求に抵抗していたが…

• バーコフ
  • 分隊長。長身で肌の色はかなり青白い。
  • 飄々としているが、肝心なときに無責任な態度を取ることがあり、半分くらいの歳のザキから「分隊長だろ…？」と突っ込まれることも。
  • 元々は少尉だったが、あることにより曹長に降格されている。
  • 気象観測の専門家であり、そのスキルが極地送りになった際に役立てられている。
• ゴダン
  • 短髪で大柄、血の気が多く荒事の得意そうな男。
  • 劇中、あることにより「友軍から」付け狙われる。
  • ゴダンは本名ではない。本名を名乗らない理由も「友軍から付け狙われる」ことと関連している。
  • 襲いかかる相手に対しては情け容赦なく弾を浴びせかける。
• ザキ
  • キリコを襲う青年。キリコとは面識がないが、なぜかキリコに対して異様な恐怖心、敵対心を持つ。
  • だが、分隊でキリコと死線をくぐり抜けるうち、彼に対する悪感情は失せていく…かのように見えた。
  • キリコに対する負の感情は、「何者か」により刷り込まれたものであることが示唆される。
  • 超酷寒のダウンバーストを切り抜けたあとやPCMPでの休暇のときなど、時折年相応のおちゃめさを見せることが。
• コチャック
  • 小太りで年相応には見えないくらい老けて見える。また、時々虚勢を張る割には人も殺せないほど臆病（結局殺すけど）。
  • ATの技量もそれほど優れてはいないように見えるが、ATの扱いに長けた他の分隊メンバーにもついていける程度ではある。
  • 元々AT開発に携わる技術者であること、そしてあるスキルがバーコフ分隊の生存について寄与することに。

（分隊及びそのメンバーの詳細は「バーコフ分隊?」の項で詳しく取り上げる予定）

• ユーグント
  • ガレアデM7基地の司令。丸メガネが特徴的。
• フラー
  • M7基地の副司令。
• カスケス
  • マニド峡谷突破作戦に参加した大隊長。
  • 技量に欠けるにもかかわらず重要な作戦の中心に据えられたバーコフ分隊に悪態をつく反面、マニド峡谷崩壊で配下の精鋭が喪われたことに対し「（バーコフ分隊を）自らの手で罰したかった…！」と苦渋に満ちた感情を吐露する部下思いの一面も。
• ワップ?
  • M7基地所属の上級曹長（後に少尉）。
  • 背が小さく小悪党然とした性格も相まってあまり強そうに見えないが、「私、脱ぐとすごいんです」を地でゆくマッチョ（しかし劇中では披露されることがほとんどない）
  • 「身体に訊く」（隠語）のが大好き。
  • 中の人つながりでカン・ユー?とのツーショットが劇中とEDで拝めるが、カン・ユーと比べるとコメディリリーフ感が強く「ステロタイプだが憎めないバカ」という印象。
  • ポリマーリンゲル液の知識に長けていることを自認するが、それが徒に。
  • 劇場版では出番がワンシーンに削られるという憂き目に。

• グレーゾン
  • バーコフ分隊をM7基地から極地へ運ぶ輸送機の機長。ある策略に巻き込まれて不時着させられる。
  • 終盤のゴダンとの絡みが妙に燃える。
• ショキット（劇中の発音は「ショーキット」）
  • 極地行きの輸送機のコパイ。
  • 実はとんだ食わせ物であることが登場回中盤で判明する（と同時に事故に近い形で退場）
  • あまり目立たない役にもかかわらず子安武人氏が声を当てているという凄まじいギャップ。
    • 個人的には「そぉうさァ！俺だよ！」というセリフが異様なほど印象に残っている
• ネハルコ?とラーキンソン?
  • おなじみの二人組。
  • カースン?という犠牲を払って目の上のたんこぶのペールゼンを追っ払った矢先に情報省のウォッカムが出張ってきてやきもきしている。
  • 戦略動議を狙ったかのようなノイドートの死亡事故からの流れでやむを得ずウォッカムのモナド?攻略戦に乗るものの…
• ノイドート国防相
  • ネハルコとラーキンソンと同じくウォッカムを目の上のたんこぶと思い、いずれは彼を引きずりおろそうと画策していたが、その矢先に搭乗していたヘリが爆発し死亡。
  • 情報省による謀殺説もあるが真相は不明

• ペールゼン・ファイル
  • ペールゼンが「異能生存体」について調査した内容をまとめたファイル。
  • ホログラムシート（数枚〜十数枚の薄型の光ディスク）に膨大な情報を詰め込んだものだが、暗号化が施されていた上に破損している。
  • ペールゼンは逮捕以前リーマン?にこのファイルの破棄を命じたが、実際はリーマンはファイルの内容に触れた結果ファイルを破棄しなかった。サンサにてキリコと対峙したときにもリーマンの懐にあり、ファイル（ホログラムシートと保護ジャケット）の物理的破損はリーマン機撃破時の熱により生じたという。
  • ペールゼンの逮捕により接収、軍の機密保管室に埋もれていたところを情報省が秘密裏に取得、ウォッカムの主導で解読が行われている。そのデータを完全に解読するには5年を要するというが、ウォッカムはその進捗状況を明らかにしていない。
  • ファイルには長年にわたるキリコの調査結果のほか、ギルガメス陣営の180余りの惑星国家・星系から派遣された全ての軍人及び傭兵などの個人データ及び戦績リストが記録されていたが、そのリストから選抜されたメンバーはわずか四人で、うち一人を除くと「驚異的なほどに生存確率が高い」という共通点がある（生存率がキリコを上回る者すらいた）。
  • ペールゼン曰く「個人メモ」「備忘録に過ぎない」「日記」「間違っており、手にしたものによっては有害になりうる」。
  • なお、ジャケットのラベルには下記のような文が記載されている。
    • EXAMINATION AND UTILIZATION OF / VITAL ORGANIC TRANSCENDENT ON MULTIPLE SUVIVABILITY*1/33855858/03　（※数字部分はつぶれ気味のためやや怪しい）
  • なお、VITAL〜以下の頭文字をとるとVOTOMSになる
• 政治犯医療収容所（PCMP）
  • 惑星クズスクにあるメルキア情報省の収容施設。
  • 豊かな森に囲まれ、眺めのいい断崖絶壁に位置する。瀟洒な洋館のような外観の施設で、ルスケ曰わく「完全な安全とサービスを提供」するという。居心地の良さそうなサンルームや広々とした屋内プール（ジャグジーあり）を完備。劇中ではバーコフ分隊がPCMPで三日間の休暇をとるシーンさえある。
  • だが「政治犯医療収容所」の名前は伊達ではなく、実際は薬物と磁気を用いた最新の自白装置「MRC」を有するなど、ただの洋館ではないことが伺い知れる。
• MRC
  • 磁場によって性質が変わる溶液を脳内に満たすことで、ニューロンの働きを外部からの操作で変動可能にし、自意識の防御機構（自我）すらもキャンセル可能とする自白/拷問装置。
  • 使用時には紫色の溶液を体内に注入し、頭部にビームのようなものを照射する。
  • 磁場を短時間で上昇させた場合、不整脈や眼底出血、ひいては脳細胞の破壊や心停止といったダメージを身体に与える。
  • ただし、専門的な知識があれば、溶液を分解する薬物を摂取するなどの対策を講じて自我のキャンセルを防げるよう。
  • MRCにかけられる際、なぜかペールゼンは全裸にさせられている。下半身は装置（専用ベッド）の下半分である程度隠れているものの、いわゆる「鼠径部」あたりが見える程度まで露出されている。48のおっさんのきわどいショットとか…
• 惑星ガレアデ
  • 百年戦争において開戦から変わることのなかった要衝とされる惑星。タイバス渡河作戦で命を取り留めたキリコが転属させられた。
  • 百年戦争末期の数年で急激に弱体化。ギルガメス軍によるマニド峡谷突破作戦の失敗、M7基地でのPRLタンク爆発を経て「戦略的役割は終わった」としてギルガメス軍から放棄される*2。
  • その後、PRLの爆発による気候変動により極地に超低温のダウンバーストが生じるに至る。
• ギルガメス軍浄化委員会
  • 「軍の綱紀を正し、それを冒すものを粛正（もしくは粛清）する」ための組織。
  • 7話で初めて存在が明らかになるが、それ以前からゴダンを襲っていたのはおそらくこの浄化委員会とその協力者。
  • 軍内において公式なのか非公式なのかは不明だが、6話の刺客が「自発的ボランティア」と自称していることから、非公式なものである可能性が高い
  • 8話でもワップに司令・副官殺しの犯人を突き止めるにあたり必要な資料を渡している。その際浄化委員会メンバーはワップに顔を見せない（見ないようにと脅している）。
• ダウンバースト
  • 積乱雲から吹き出す猛烈な下降気流を指す気象用語。
  • 通常のダウンバーストでも吹き出す風は通常冷たいとされているが、現実でのダウンバーストはむしろ猛烈な風が脅威とされている。

（以下作成中）

「赫奕たる異端」までのOVAには英題がつけられていたが、本作以降は特に英題がつけられていない