第五次銀河大戦の末期、惑星ラザースの南380高地で、6体のロボトライブを率いる若き軍人、レイ・チャドラー少尉は、配下のロボトライブが休息中に続々と銀色の狼に咬まれるという奇妙な光景を目撃する。
直後彼は拘禁され、聞いたこともない『ガネシス』という謎の言葉に関して尋問や拷問を受ける。
半年後、すでに戦争も終わり、彼はメルキアの港町ハウで駆け出しの探偵として働いていた。しかしある日、尋問に参加していた謎の女、ミス・グレイから依頼が舞い込む。
その依頼とは、彼にとっても因縁深い、『ガネシス』について調査することであった。
それをきっかけに、彼はGeeをはじめとした戦友のロボトライブたちと再会する。しかし彼らは、人間の想定した範囲内の動作をするように作られたはずの存在であったはずなのに、人間にしか持ち得ない感覚や知性を獲得し始めていた。
軍、いや、その奥にいる『国家の息のかかった謎の組織』は、類人兵器の覚醒と反乱が
アストラギウス銀河の文明の根幹に関わると考えていた。そして覚醒した類人兵器が口にする『ガネシス』が、重要なキーワードと考えた。
(その『組織』の手下である)ミス・グレイの元に集められたレイ・チャドラー小隊のメンバーは、ラザースへ再び赴くこととなった。ラザースでは、ギルガメス/バララント両軍の類人兵器が反乱を起こしており、レイ・チャドラー小隊の要にしてただ一人彼らの前から姿を消したロボトライブの『チーフ』が、類人兵器の反乱を指揮しているという。
軍出港時に家出ロビーのバフィが物騒なものを持ち込み強引に押しかける、というトラブルを経て、レイ・チャドラー小隊を中心とした調査隊はラザースへと赴く…