ウド編全体のストーリーの流れをまとめると、以下のようになっている。
- リド襲撃とキリコの放逐
- 軍による身柄確保、拷問
- キリコ脱走、終戦
- 半年後、キリコがウドに流れ着くもブーンファミリーによりヂヂリウム採掘人夫に
- ヂヂリウム採掘場から脱出
- ゴウト、バニラ、ココナとの出会い、ATの確保
- ウド脱出を賭けたブーンファミリーとの戦い
- 治安警察によるブーンファミリー掃討に巻き込まれ脱出頓挫
- (軍の差し向けた消防隊と)ゴウトにより救出、ゴウトからバトリング選手契約を持ちかけられる
- バトリング場見学で選手とトラブル、リアルバトルでコニンを倒すが逮捕
- ゴウトら、キリコ救出
- キリコ、再びバトリングを持ちかけられ、治安警察の差し向けたオリヤを倒す
- キリコ、治安警察に潜入、署長のイスクイを脅しヂヂリウム保管庫へ。
- ヂヂリウム保管庫で「素体」と再会
- ゴウトらとともにヂヂリウム運び出し襲撃
- 治安警察とヂヂリウム売買の取引
- キリコ、取引現場で驚異的な強さのATに襲われ逮捕
- ゴウトらによりキリコ再度救出(金貨ばらまき作戦)
- ゴウトらが潜んでいた根城襲撃
- キリコ、バトリング場でATを確保しゴウトらとともに治安警察襲撃
- 素体とまた遭遇、二人で治安警察本部に立てこもる
- キリコとフィアナ(素体)、治安警察本部から脱出を図る。しかしフィアナは捕らえられる
- ギルガメス軍によるウド侵攻開始
- ヂヂリウム保管庫にフィアナを迎えに行くも、フィアナは固辞
- ゴウトらヂヂリウム保管庫から脱出。キリコはゴウトらと別れてしまう